Para el Campeonato mundial de baloncesto de 2006, la FIBA África tiene un total de 3 cupos directos para este de un total de 24 selecciones que participaran en Japón. De las 53 naciones afiliados a la FIBA, sólo participaron en las eliminatorias 12 equipos entre el 15 y 24 de agosto de 2005.
El proceso está compuesto por dos etapas. La primera es una Ronda Preliminar entre los 12 equipo divididos en 2 grupos de 6. La segunda es una Ronda de Calificación donde los mejores 8 equipos jugaran a eliminatoria directa para definir los 3 clasificados y posiciones finales. Así como una ronda de calificación de las posiciones 9 a 12 entre los últimos 4 equipos de la Ronda Preliminar.